・日本からギリシャのサントリーニ島への飛行機での行き方
・サントリーニでの空港から市内への行き方
をご紹介します。
日本からギリシャへの直行便はない
日本からサントリーニへの直行便がないため、ギリシャのアテネを経由して行くことになろうかと思います。
また、アテネへの直行便もなく、
日本→(経由地)→アテネ→サントリーニ
という2回乗り継ぎで向かうことになります。
今回はドーハ経由(カタール航空)で行ったのですが、アテネへは様々な航空会社が運航していますので、マイルや航空会社・価格で便を決めると良いと思います。
下記のような航空会社がアテネへ運航しています。
ターキッシュ・エアラインズ(トルコ)イスタンブール経由
エティハド航空(UAE)アブダビ経由
エミレーツ航空(UAE)ドバイ経由
カタール航空(カタール)ドーハ経由
ブリティッシュ・エアウェイズ(イギリス)の場合は、日本→ヒースロー空港(ロンドン)→サントリーニ空港がありました。アテネ経由せずに1回乗り継ぎでサントリーニまで行けます。渡航時間は2回乗り継ぎと変わりません。
アテネ空港での乗り継ぎ方法

当然ながら、日本からアテネまでは国際線となります。
アテネ国際空港からサントリーニ空港までは「国内線」での移動となりますが、アテネ空港は国際線と国内線が別棟ではなく、同じターミナルになります。
アテネ空港の到着ロビーは1Fです。出発ロビーは2Fになります。
入国審査が終わりましたら、(バゲッジスルーでない場合は)預入荷物を受け取り、同じ建物の2F出発カウンターに向かいましょう。
ここから通常の出発と同じです。
チェックインと荷物預け入れを行います。

サントリーニ空港から市内への移動方法

サントリーニ空港からフィラ・イアといった市街地まではタクシー・バス・送迎サービス・レンタカーなどいくつか行き方があります。
サントリーニ空港からの移動方法をご紹介します。
サントリーニ空港はとても小さな空港です。出口は1箇所で、出るとすぐにタクシー乗り場とバス乗り場があります。
送迎サービスがおすすめ
宿泊するホテルの送迎サービスがあるのでしたら、そちらを利用されるのが一番便利だと思います。
なぜ、送迎サービスがおススメかと言いますと、タクシーはそもそも台数が少なく、バスも頻繁に運行されていないので、空港からすぐに移動できるかどうかわからないからです。
送迎サービスの料金は、タクシー・バスに比べると高くなるかもしれませんが、時間のロスがなく、スムーズに移動できるので、限られた期間での旅行の場合は、価値が大きいと思います。
タクシーでの移動

今回の旅では、宿泊先のイアまでタクシーで移動しました。
ホテルからは送迎サービス案内を受けていたのですが、タクシーの方が安いかと思って申し込まなかったのですが、結果的にはタクシーが50ユーロ、送迎サービスは60ユーロ(2名)で、少しタクシーの方が安かったです。
バスでの移動

一番安く移動できるのはバスです。
一応、時刻表があり、1時間に1本くらいはあることになっているのですが、到着日・出発日共に、空港では一度もバスを見かけませんでした。
ですので「時間がかかってものんびり向かえば大丈夫」という方はバスでも良いかと思います。
時刻表はこちらをチェックしてください。現地のバス停でQRコードを読み込んできました。
https://ktel-santorini.gr/index.php/en/services/timetable
空港からフィラの町まではバスで直行で行けますが、その他のエリアは、一旦フィラに出てフィラから移動することになります。
フィラ以外の目的地の場合は、更に時間がかかるので、余裕を持って計画を立てておきましょう。

バス停で、乗る際に・もしくは乗車後に係の人に料金を支払います。
空港からフィラまでの料金は、基本1.8€になります。時間帯・季節で$2.0 or £1.55といった料金に変動するようです。
支払いは現金のみですので、ユーロを持っておきましょう。